Hra pokrývá události mezi filmy X2 a X-Men: Poslední vzdor, konkrétně sleduje postavy Logana, Icemana a Nightcrawlera.
Hráči ovládají akce několika postav souvisejících s X-Men, zejména pak Logana, Nightcrawlera a Icemana, přičemž odhalují spiknutí s cílem vymítit mutanty.