Je tomu již 6 měsíců, co Dubaj během katastrofické pouštní bouře zmizela z povrchu země.
Tisíce lidí zahynuly, včetně amerických vojáků, kteří byli vysláni, aby pomohli město evakuovat. Z metropole pohřbené v písku jsou dnes už jen ty nejokázalejší ruiny světa. Nyní však byl zachycen záhadný rádiový signál, který přichází z Dubaje, a tak byl vyslán průzkumný tým Delta, aby město prozkoumal. Jeho úkol je jednoduchý: najít přeživší a zajistit evakuaci.
Spec Ops: The Line se odehrává v rámci zničené, dříve bohaté Dubaje. Toto hřiště pro nejbohatší elity se stane obětí ničivých písečných bouří. Ultramoderní architektura leží napůl pohřbena pod milionem tun písku. Právě písek sehraje důležitou roli v bojových situacích a vytváří tak nepředvídatelnou sílu, která bude pomáhat či škodit hráčům po celou dobu.
Zatímco většina lidí uprchla z této nově vzniklé pustiny, plukovník John Konrad a jeho tým zůstal, aby ochránil ty, co nemohli uniknout. Poté, co udeřila bouře a tým ztratil signál, americká armáda je považovala za mrtvé. Nakonec se jim přeci jen podařilo vyslat slabý nouzový signál a spustit tak záchranou operaci. Jak kapitán Martin Walker se vy a váš elitní Delta Force tým pokusí proniknout do zrádné oblasti a dostat Konráda domů.