Píše se rok 2008. Celoměstské výpadky, sabotáže na burze, elektronické únosy systémů národní obrany… to vše je informační válka, která se stala nejnebezpečnější hrozbou pro globální stabilitu. Abyste těmto útokům zabránili, musíte se infiltrovat hluboko do nepřátelského území a agresivně sbírat kritické zpravodajské informace, blíže než kdy jindy k nepřátelským vojákům. Jste Sam Fisher, nejelitnější černý agent NSA. Abyste dosáhli svého poslání, budete nepozorovaně pracovat, zabíjet na blízko, útočit svým bojovým nožem, střílet modulární puškou SC20K a používat radikální potlačovací techniky, jako je převrácení krku. Pracujte sami, nebo si vychutnejte vzrušení z kooperativních infiltračních misí pro více hráčů, kde je týmová práce ultimátní zbraní.
Japonské informační obranné síly byly vytvořeny, aby pomohly čelit moderním hrozbám. Korea a Čína jsou považovány za porušení mezinárodního práva a japonské poválečné ústavy.
Tajně, šéf IDF začíná podnikat informační válečné útoky proti Japonsku a obviňuje z útoků Severní Koreu. Když USA zasáhnou, jak jsou povinny podle článku 9 japonské poválečné ústavy, jsou napadeny také USA, což donutí Severní Koreu eskalovat situaci preventivní invazí do Jižní Koreje.
Zatímco na Korejském poloostrově propuká válka, musí Sam Fisher překazit spojenectví mezi japonským admirálem, neurotickým počítačovým hackerem, a šéfem mezinárodní polovojenské společnosti, aby zabránil opětovnému rozdmýchání masivní světové války v Pacifiku.